В рамках охраны атмосферного воздуха и во исполнение закона об охране атмосферного воздуха и все природопользователи, имеющие стационарные источники выбросов загрязняющих веществ, обязаны в обязательном порядке разработать и согласовать проект предельно допустимых выбросов и получить в конечном итоге разрешение на выброс загрязняющих веществ в атмосферу.

Работа по разработке и согласованию проекта ПДВ включает инвентаризацию источников выбросов, составление тома проекта, процессы согласования в ТУ Роспотребнадзора и Росприроднадзора. Стоимость разработки проекта ПДВ определяется видом деятельности предприятия и количеством источников выбросов. Сроки разработки и согласования проекта определены действующими техническими регламентами федеральных служб. Результатом разработанного проекта ПДВ является разрешение на выброс, подтверждающее законность деятельности того или иного лица, и позволяющее экономить достаточные объемы средств в вопросе экологических платежей за оказание воздействия на окружающую природную среду.

Смотрел на сайте интеграл программы для эколога: их там целая куча даже для одного ПДВ..
С какой программы мне следует начать, если я хочу научиться составлять этот документ?

У них есть две базовых программы: выбросы и рассеивание, в них заложены алгоритмы расчетов. Методики расчетов меняются в зависимости от типа производства ( от типа источника выбросов), в зависимости от этих типов нужны те или иные подпрограммы ( например, для расчета выбросов на АЗС, для расчета выбросов от котельных ( до 30 т, от 30 т).
Имея только стандартные программы ничего не сделаешь, т.к. в них нет никаких данных для расчета. Данные есть в подпрограммах ( опять же, какая тебе нужна подпрограмма определяется тем, что именно тебе нужно расчитать)