Здравсвуйте!подскажите, пожалуйста, как лучше поступить - есть организация (среднего бизнеса), являющееся арендодателем у 5 юр.лиц. Все обслуживание у них проводим мы, ТБО утилизируется через нас сторонней организацией (фирмы в основном по оказанию услуг и магазины). Получается мы должны делать расчет платы за негативное воздействие для каждой из организации? И можно ли как-то разработать ПНООЛР, чтобы включить туда всех арендаторов или им все равно придется делать расчет платы каждый квартал?

Это вы должны сами решить: либо можете сделать за всех арендаторов (например, если это включено в стоимость аренды), либо не браться за это (они будут разрабатывать и платить).
Если вы будете делать сами, вы будете составлять список компаний, которые образуют этот мусор..